Una misteriosa malattia tormenta il pianeta Midgar, ridotto in rovina dalla cruenta battaglia con Shinra, che ruba la forza vitale del pianeta per usarla come fonte di energia. La popolazione è prossima all'estinzione, e sono poche le speranze di una rinascita futura. Speranza e riscossa convergono nel personaggio di Cloud, che combatterà per proteggere gli orfani della passata guerra che gli sono stati affidati.
