Un sottomarino sovietico viene affondato da un proprio torpedo: lanciato contro una minaccia fantasma, gli viene poi ritorto contro dall'intelligenza artificiale infiltrata a bordo del sistema. È solo una delle azioni di quella che viene definita "entità", una IA divenuta senziente su cui tutti vogliono mettere le mani, ma a sua volta decisamente capace di difendersi e di contrattaccare. Il montare della crisi coinvolge così l'IMF ed Ethan Hunt, che inizia la sua nuova impossibile missione, sempre al fianco dei fidati Benji e Luther, andando a salvare l'amica Ilsa Faust. Presto Ethan si imbatterà nella ladra Grace, ritroverà la Vedova Bianca, e dovrà vedersela con gli agenti al servizio dell'Entità, ossia la letale Paris e un vecchio nemico di nome Gabriel.
