Lasciato Vulcano, dove il redivivo Spock ha completato la sua rieducazione, Kirk e compagni si dirigono verso la Terra, dove li attende un inevitabile processo per il furto dell'Enterprise, poi perduta su Genesis nella lotta contro i Klingon. Ma un drammatico messaggio del Presidente della Federazione esorta tutti a non avvicinarsi, perchè una sconosciuta nave aliena dalla quale parte un monotono ed incomprensibile messaggio ha privato di ogni energia il pianeta, gettandolo nel caos. Quando Spock realizza che la trasmissione è diretta verso gli oceani, e cerca una risposta dalle balene megattere, ormai estinte, non resta che un rapido viaggio a ritroso nel tempo in cerca di una coppia di cetacei per ripopolare la specie e salvare la Terra.
