Sono trascorsi 14 anni dagli eventi di Evangelion 2.0: la Terra è sopravvissuta al Terzo Impatto ma ha pagato un prezzo molto salato. Nonostante buona parte dell'umanità si sia estinta, la NERV e la SEELE continuano a portare avanti i loro misteriosi piani; un gruppo di dissidenti della NERV hanno formato la WILLE, staccatasi dopo aver compreso l'obiettivo insano alla base dei progetti superomistici di Ikari Gendo, padre di Shinji. Quando gli Eva-02 e Eva-08 della WILLE recuperano il disperso Ikari Shinji, causa involontaria del Terzo Impatto, devono proibirgli di guidare nuovamente un Eva, affinché non ne causi un Quarto e definitivo.
